В изпълнение на изискванията на Закона за енергетиката, Закона за публичните предприятия и Директива 2009/73 (ЕО), от март 2013 г. "Булгартрансгаз" ЕАД се ръководи от двустепенна организационно – управленска структура: Надзорен съвет, който се състои от председател, зам.-председател и трима членове и Управителен съвет, който се състои от председател и двама членове.
